Bei Analfisteln handelt es sich um einen Einriss der Analhaut und Schleimhaut, der sich in der Folge chronisch entzündet und ein ständig neu aufreißendes, nicht heilendes, schmales Geschwür bildet. Diese Einrisse werden vor allem von der Hinterseite (Steißbeinwärts) des Afters bemerkt. In der Folge kann sich ein hoher Druck des Schließmuskels, der unter der Schleimhaut sitzt, ergeben. Die Ursache dafür, dass die Wunde nicht abheilt, liegt in der schlechten Durchblutung, die wiederum auf einem erhöhten Ruhedruck des Schließmuskels beruht. Nach außen bildet sich an der Fissur oft eine Hautfalte.
Hauptsächlich werden dabei scharfe, brennende Schmerzen während des Stuhlgangs beklagt. Gelegentlich sind die Schmerzen auch ohne Stuhlgang sehr stark fühlbar und führen zu sehr schmerzhaften Analkrämpfen. Die Krämpfe verhindern zusätzlich, dass die Fissur abheilen kann. Beim Stuhlgang kommt es zu einem Aufreißen des Geschwürs, dabei kann es bluten. Gelegentlich tritt Juckreiz auf.